Metsäntutkimuslaitoksella on hallinnassaan noin 73 500 hehtaaria tutkimusalueita, 4 800 ha opetusmetsiä ja 7 600 ha erityyppisiä suojelualueita. Maa- ja metsätalousministeriö on päättänyt hallinnonalan toiminta- ja taloussuunnitteluun liittyen esittää, että Metsäntutkimuslaitoksen hallinnassa ja maa- ja metsätalousministeriön tulosohjauksessa olevat tutkimusalueet ja opetusmetsät siirretään Metsähallituksen hallintaan vuoden 2008 alusta lukien. Hallinnan siirron yhteydessä tehtävien järjestelyiden jälkeen tutkimusmetsäalueiden kokonaispinta-alaksi on suunniteltu noin 33 000 ha, josta vanhoja Metsäntutkimuslaitoksen tutkimusalueita on noin 31 500 ha ja Metsähallituksen talousmetsistä tarkoitukseen osoitettavia uusia alueita 1 500 ha. Lisäksi Metsähallituksen mailla tulee olemaan noin 9 000 ha määräaikaisia kokeita ja havaintokohteita.

Tutkimukseen varattavien metsien hoito ja käyttö tulee perustumaan Metsäntutkimuslaitoksen ja Metsähallituksen yhteistyönä laadittavaan puitesopimukseen, jossa kaiken toiminnan lähtökohtana ovat Metsäntutkimuslaitoksen tutkimustarpeet ja tutkimusedellytysten turvaaminen. Tutkimusedellytykset turvataan kokoamalla nykyisistä tutkimusmetsistä ja niitä täydentävistä Metsähallituksen maista tutkimustoimintaa palvelevia tutkimusmetsäalueita ja parantamalla Metsähallituksen normaalien talousmetsien tutkimuksellista saavutettavuutta tietojärjestelmiä ja toimintamalleja kehittämällä. Yliopistojen, korkeakoulujen ja muiden yhteisöjen tutkimusmahdollisuuksia tutkimusmetsissä parannetaan. Eri toimijoiden tutkimustarpeet sovitetaan yhteen perustamalla alueellisia tutkimusmetsien käyttöä suunnittelevia yhteistyöryhmiä, joissa Metsäntutkimuslaitoksella on koordinoiva rooli.

Tutkimusmetsien hallinnan siirron yhteydessä Metsäntutkimuslaitoksesta siirtyy 35 henkilöä ns. vanhoina työntekijöinä Metsähallituksen palvelukseen. Henkilöstöön liittyvissä kysymyksissä toimitaan valtioneuvoston 23.3.2006 tekemän periaatepäätöksen mukaisesti (periaatepäätös valtion henkilöstön aseman järjestämisestä organisaation muutostilanteessa, VM 9/01/2006). Maiden siirtäminen Metsähallituksen hallintaan rationalisoi valtion maaomaisuuden hoitoa ja käyttöä. Säästöjä kertyy päällekkäisten valtion kiinteistövarallisuuden hallinnan ja hoidon organisaatioiden purkamisesta ja maaomaisuuden käytön tehostumisesta. Rationalisointihyödyksi on vuositasolla arvioitu 1,5 - 2,0 milj. euroa, josta noin 1 milj. euroa kertyy hakkuutulojen lisääntymisestä ja loput toimintojen ja henkilöstökulujen karsimisesta.

Tutkimuksen maankäytön tarpeiden huomioon ottamisesta Metsähallituksen liiketoiminnalle aiheutuvat menetykset korvataan valtion budjettiin varattavalla 0,8 milj. euron käyttökorvauksella. Kaikki tutkimusmetsät siirtyvät aluksi liiketoiminnan taseeseen. Metsähallituksessa maankäyttöpäätökset tehdään luonnonvarasuunnitelmien yhteydessä. Luonnonvarasuunnitelmien tarkistamisen yhteydessä tullaan käymään läpi myös Metsäntutkimuslaitokselta siirtyneet maat. Suojeluohjelmiin kuuluvat ja suojelualueisiin liittyvät erityisen arvokkaat alueet siirretään julkisten hallintotehtävien omaisuuteen. Muut erityisiä luontoarvoja sisältävät, talousmetsäkokonaisuuksiin liittyvät alueet voidaan alue-ekologisen suunnittelun periaatetta noudattaen jättää talouskäsittelyn ulkopuolelle, vaikka ne edelleen kuuluvat liiketoiminnan taseeseen.

Tutkimusmetsien hallinnan siirto toteuttaa osaltaan talouspoliittisen ministerivaliokunnan 16.11.2005 hyväksymää Metsähallituksen liiketoiminnan ja julkisten hallintotehtävien ohjauslinjausta, jonka mukaan valtion omistamien metsien keskittämistä Metsähallitukseen jatketaan. Metsäntutkimuslaitoksen hallinnassa olevat luonnonsuojelualueet eivät kuulu työryhmän toimeksiannon piiriin, vaan niiden mahdollinen siirto kuuluu ympäristöministeriön tehtäviin.