Unihäiriöiden hoitoon käytettävä lääke saattaa joskus huonontaa unta ja päivävireyttä entisestään. Bentsodiatsepiinit korjaavat unen kokemisen häiriötä mutta vähentävät syvää unta ja pahentavat uniapneaa. Monet masennuslääkkeet vähentävät REM-unta, jonka määrä onkin masennuksen yhteydessä lisääntynyt. Osa masennuslääkkeistä lisää heräilyä, vähentää syvää unta ja lisää yöllisiä jalkaliikkeitä. Osan lääkkeistä vaikutukset uneen ovat päinvastaisia käytettäessä hyvin pieniä ja suuria annoksia. Sykevälivaihtelun ja palautumisen mittaamisesta erilaisilla älylaitteilla on tullut suosittua. Univaiheprofiiliin ja sykevälivaihteluun perustuvat analyysit eroavat aina jonkin verran toisistaan, ja ero suurenee, jos potilaalla on käytössä lääkitys, joka vaikuttaa vain jompaankumpaan. Masennus ja osa masennuslääkkeistä vähentävät sykevälivaihtelua. Myös psykoosilääkkeet, opioidit ja beetasalpaajat vaikuttavat uneen ja sykevaihteluun.