Bakteerien nopea evoluutio tuo haasteita lääketieteelle, josta hyvänä esimerkkinä on metisilliinille resistentti Staphylococcus aureus (MRSA). Sen erotusdiagnostiikka on tärkeää potilaan hoidon kannalta, vaikka MRSA:n aiheuttamat infektiot ovat suurilta osin samanlaiset vaikeustasoltaan ja taudinkuvaltaan kuin herkän S. aureuksen aiheuttamat infektiot. Mikrobilääkeresistenttiyden takia MRSA:ta varten tulee olla sensitiivinen ja spesifinen analyysimenetelmä, jotta sen aiheuttamat infektiot saadaan hoidettua nopeasti ja tehokkaasti oikean hoitovasteen antavalla mikrobilääkkeellä. MRSA:n variantti mecC-kanta (mecC MRSA) tuo potentiaalisen aukkokohdan tähän MRSA diagnostiikkaan, joka tulee sulkea pois menetelmien validoinnilla. Tällöin varmistutaan, että myös mecC MRSA tunnistetaan oikein MRSA:ksi.

Opinnäytetyön toimeksiantajana oli Fimlab Laboratoriot Oy:n mikrobiologian ja molekyylibiologian yksikkö. Työn tarkoituksena oli testata mecC-PCR -menetelmän spesifisyyttä ja sensitiivisyyttä. Tavoitteenamme oli tuottaa tuloksia osana mecC-PCR -menetelmän validointia. Opinnäytetyön teoriaosuudessa käsittelimme S. aureusta, mecA ja mecC MRSA:ta sekä reaaliaikaista polymeraasiketjureaktioita.

Kokeellisessa osuudessa analysoimme 17 eri bakteerikantaa kolmella eri PCR-ohjelmalla. Optimoimme PCR-ohjelmaa muokkaamalla kiinnittymis- ja pidennysaikoja sekä syklien lukumäärää. Parhaan tuloksen antoi PCR-ohjelma 2, jonka spesifisyys oli 84,6 %, positiivinen ennustearvo 50 % ja negatiivinen ennustearvo 100 %. Menetelmän sensitiivisyyttä määritettyämme laimennussarjan avulla voimme todeta, että analyysimenetelmä antaa positiivisen tuloksen reaktioseoksen sisältäessä bakteeria 375 pmy (pesäkkeen muodostava yksikkö). Reaktioseoksen sisältäessä 75 pmy:tä mecC MRSA:ta, tulos oli negatiivinen.