Opinnäytetyö suoritettiin THL:n ja FIMM:n yhteisen Biopankin tiloissa Biomedicumin tutkimuskeskuksessa keväällä 2014. Tarkoituksena oli selvittää, voiko vanhoista plasma- ja seeruminäytteistä eristää tutkimuskelpoista DNA:ta. Näytteitä oli käytössä 120 kpl, 60 seerumiputkea ja 60 plasmaputkea. Näytteet oli kerätty aikavälillä 3 - 9.10.1975.

Plasma- ja seeruminäytteissä ei lähtökohtaisesti ole suuria määriä DNA:ta, sillä veren eri osien erotteluvaiheessa suurin osa valkosoluista painuu pohjalle ja erottuu siten plasmasta ja seerumista. Tämä opinnäytetyö perustuu oletukseen, että plasman ja seerumin sekaan on jäänyt valkosoluja, joista DNA:ta on mahdollista eristää riittävä määrä jatkotutkimuksia varten.

DNA:n eristämistä varten valittiin kaksi eri kittiä; PerkinElmerin chemagic circulating NA 4k H12 VD130612 -kitti ja Zymo Researchin ZR Serum DNA Kit™ -kitti. ZR -kitti hyödyntää silikahelmiä DNA:n eristyksessä ja chemagic-kitti magneettipartikkeleita. Chemagic-eristyksen suorittaa tehtävään tarkoitettu robotti, ZR -protokolla tehdään käsin.

DNA:n konsentraatio mitattiin NanoDrop-spektrofotometrilla. Kaksijuosteisen DNA:n konsentraatio varmennettiin vielä PicoGreen-protokollalla PHERAStar-luminometrillä. Kun mittaukset oli suoritettu, näytteille tehtiin ID-PCR 96-kuoppalevyllä G-storm -koneella.

PCR:n jälkeen näytteet lähetettiin THL:n sekvensointilaboratorioon, missä niille tehtiin fragmenttianalyysi. Fragmenttianalyysissä näytteille tehtiin elektroforeesi ABI3730xl DNA Analyzerillä, minkä jälkeen tulokset analysoitiin GeneMapper® -ohjelmalla. Tuloksia tarkasteltiin lisäksi SEX-PCR -menetelmällä ja agaroosigeelielektroforeesilla.

Tulokset olivat negatiivisia: DNA:ta saatiin kyllä eristettyä, mutta niin pieniä määriä, että eristys ja jatkokäsittely ei ole koko aineistolle mielekästä.