Tämä opinnäytetyö toteutettiin Medizinisch Genetisches Zentrum Münchenissä, molekyyligenetiikan osastolla, seuraavan sukupolven sekvensoinnin (NGS) ryhmässä.

NGS on nopeasti kehittyvä tutkimuksen ala geenitekniikassa ja se on myös yksi tärkeimmistä tutkimuksen aloista biologisessa tutkimuksessa. NGS mahdollistaa monien näytteiden yhtäaikaisen sekvensoinnin. Tämä avaa mahdollisuuden halvempaan ja nopeampaan tutkimukseen. NGS mahdollistaa myös suuremman skaalattavuuden ja resoluution.

Syövästä on tulossa yksi maailman yleisimmistä sairauksista, yli miljoona ihmistä joka vuosi sairastuu paksusuolen syöpään ja heistä noin 3 % saa Lynchin syndrooman. Syndroomasta ovat vastuussa neljä geeniä: MLH1, MSH 2, MSH6 ja PMS2. Nämä geenit toimivat mismatch korjaajaentsyymikompleksin valmistajina. Toisinaan potilailta, joilla on Lynchin syndrooma, ei löydy geeni mutaatiota Sangerin Sekvensoinnilla. Kiinnostuksen kohteena on tehdä näille potilaille lisäksi tehdä myös sekvensointi, joka kattaa myös heidän introni ja promoottorialueensa.

Hyvien sekvensointitulosten takaamiseksi on tärkeää, että sekvensoitaessa DNA-fragmenttien koko olisi mahdollisimman sama. Tässä opinnäytetyössä verrattiin kahta eri fragmentointitapaa entsymaattista ja ultraäänikäsittelyä. Fragmentointitavan täytyi olla hyvin toistettava ja vähän aikaa vievä. Ultraäänikäsittelyn todettiin olevan toistettavampi. Tästä jatkettiin DNA-fragmenttien koon jakautumisen pienentämistä. Tämä toteutettiin magneettipartikkeleilla. Kun halutut fragmenttikoot oli eristetty, DNA-kirjaston valmistaminen saatettiin loppuun. Sitten kirjastot sekvensoitiin Illuminan Miseq-sekvensoitilaitteella.

Sekvensoinnin jälkeen tehtiin data-analyysi.Ultraäänimenetelmällä saatiin hyviä ja toistettavia tuloksia. Ultraääni-menetelmän fragmenttikoko optimoitiin. Kun sekvensointidata oli kohdistettu, tuloksena oli hyvin epätasainen kattavuus, jota ei voitu selittää laboratoriossa tehdyllä virheellä.