Kyrönjoen yläosan tulvasuojeluhankkeen eri osille on useita lupapäätöksiä, joissa luvanhaltijana on valtio. Lupapäätöksissä on velvoite tarkkailla mm. vaikutuksia Kyrönjoen edustan merialueen kalakantoihin ja kalastukseen. Ammattikalastuksen tilaa ja saaliita selvitettiin vuotta 2012 koskeneella tiedustelulla. Tiedustelu postitettiin alueella asuville Maa- ja metsätalousministeriön ammattikalastajarekisteriin kuuluneille kalastajille. Aiemmin vastaavia kalastustiedusteluja on tehty vuosien 1996, 2000, 2003, 2006 ja 2009 kalastuksesta.

Vastanneista ammattikalastajista 27 % (7 kpl) oli kalastanut suiston tutkimusalueella vuonna 2012. Tutkimusalueella kalastaneiden ammattikalastajien määrä laski vuoden 2009 jälkeen, ja vuonna 2012 ammattikalastajia oli vähiten koko 2000-luvulla. Kyrönjoen suistossa ammattikalastajien määrä on laskenut vuodesta 2000 vuoteen 2012 noin kaksi kolmasosaa.

Ammattikalastajien alueelta saama kokonaissaalis oli vuonna 2012 vain noin 6 % vuoden 2000 saaliista ja vajaa kaksi kolmasosaa vuoden 2009 saaliista. Kalastajakohtainen keskisaalis oli vuonna 2012 samaa tasoa kuin vuonna 2009, mutta merkittävästi pienempi kuin sitä aiemmin. Runsain saalislaji oli vuoteen 2006 saakka kuore, mutta sen jälkeen lahna. Kuoreen pyynti loppui vuosien 2006 ja 2009 tiedustelujen välissä Särkimon rehutehtaan toiminnan päättymisen takia, ja kuoresaaliille ei sen jälkeen ole ollut paikallista ostajaa. Taloudellisesti arvokkain saalislaji kalastajahinnoilla laskettuna oli vuoteen 2006 saakka joko kuore tai silakka, vuonna 2009 siika ja vuonna 2012 made. Madesaaliin arvoa vuonna 2012 nosti hyvien saaliiden lisäksi sen kilohinta, joka oli noin kolminkertainen haukeen ja yhdeksänkertainen lahnaan nähden.

Huono vedenlaatu, pyydysten likaantuminen ja virtaaman vaihtelu olivat aiempien vuosien tapaan ammattikalastajien mielestä merkittäviä haittatekijöitä. Suuri osa ammattikalastajista piti Kyrönjoen suistoa hyvänä kalavetenä, kun aiemmissa tiedusteluissa sitä on yleensä pidetty keskinkertaisena. Arvostuksessa tapahtuneeseen muutokseen saattoi vaikuttaa aiempaa pienempi vastanneiden määrä.