Vesienhoidon toimenpideohjelmalla pyritään EU:n asettamaan tavoitteeseen pinta- ja pohjavesien hyvästä tilasta vuoteen 2015 mennessä. Toimenpideohjelmassa on esitetty tavoitetilan saavuttamiseksi tarvittavat toimenpiteet, niiden kustannukset sekä ohjauskeinojen kehittämistarve. Toimenpideohjelmassa esitetyistä toimenpiteistä ja niiden kustannuksista on esitetty yhteenveto valtioneuvoston 10.12.2009 hyväksymässä Kymijoen-Suomenlahden vesienhoitoalueen vesienhoitosuunnitelmassa. Toimenpideohjelma on laadittu yhteistyössäalueen toimijoiden kanssa ja sen laatimisen yhteydessä on järjestetty useita yleisötilaisuuksia ja seminaareja. Toimenpideohjelmassa on otettu huomioon vuosina 2006–2009 järjestettyjen kolmen kuulemiskierroksen palaute.

Vesiensuojelun tehostaminen on erityisen tärkeää Uudellamaalla, koska alueen järvet, joet ja rannikkovedet ovat huonommassa tilassa kuin Suomessa keskimäärin. Vesiin kohdistuva ravinnekuormitus on suurta ja vesiä on muutettu suuresti rakentamalla, perkaamalla ja patoamalla. Alueen pinta- ja pohjavesien käyttötarpeet ovat tiheästä asutuksesta johtuen suuria. Ihmistoiminnot aiheuttavat pilaantumisriskin viidesosalle Uudenmaan pohjavesistä.

Toimenpideohjelmassa Uudellemaalle esitettävien nykykäytännön mukaisten toimenpiteiden rahoitustarve on vuosina 2010–2015 noin 290 miljoonaa euroa vuodessa. Valtaosa nykykäytännön mukaisten toimenpiteiden kustannuksista koostuu yhdyskuntien ja haja-asutuksen jätevedenpuhdistuksesta sekä maatalouden vesiensuojelua koskevista ympäristötuista. Esitettävien lisätoimenpiteiden rahoitustarve on noin 31 miljoonaa euroa vuodessa. Lisätoimenpiteiden kustannuksista suurimman osan muodostavat maatalouden kuormituksen vähentämistoimenpiteet. Lisätoimenpiteitä on esitetty myös mm. vesistöjen kunnostukseen, uusien siirtoviemäreiden rakentamiseen sekä metsätalouden vesiensuojelun tehostamiseen. Pohjavesiä koskevilla lisätoimenpiteillä pyritään pohjavesien pilaantumisriskin vähentämisen mm. liikenteen, yhdyskuntien ja teollisuuden osalta. Keskeisenä pohjavesiä koskevana toimenpiteenä on esitetty myös pilaantuneiden maa-alueiden ja maa-ainesottoalueiden kunnostamista. Pohjavesialueiden suojelusuunnitelmien ja pohjavesiselvitysten laatimista tulee lisätä merkittävästi nykyisestä. Uudenmaan vesistöjen tila paranee selvästi voimakkaasti kuormitetuilla alueilla, jos esitetyt toimenpiteet toteutetaan. Monien vesistöjen ja koko Suomenlahden osalta hyvän tilan saavuttamiseksi tarvitaan kuitenkin yli vuoden 2015 ulottuvia toimia, koska vesien liiallinen kuormitus ja vesiä muuttavat toiminnot ovat jatkuneet hyvin pitkään. Suurella osalla huonossa tilassa olevista pohjavesialueista on arvioitu, että hyvä tila saavutetaan esitetyillä toimenpiteillä vuoteen 2015 mennessä. Viidellä pohjavesialueella tavoiteaikataulua on siirretty vuoteen 2027.