Saaristojen ja rannikkoalueiden vedenalainen luonto pohjoisella Itämerellä on monimuotoista ja tuottavaa. Lajien elinympäristöjen erilaisuutta säätelee mm. pohjan laatu, avoimuus ja valonsaanti. Vedenalaislajiston tuntemus on hyvin tärkeää kestävässä rannikko- ja merialueiden suunnittelussa.

Tämä raportti kuvailee tärkeimpien pohjoisen Itämeren rannikkovesien vedenalaiselinympäristöjen jaottelun sekä miten näiden ympäristöjen luontoarvoa voidaan luokitella kyseisen ympäristön ekologisten toimintojen perusteella. Myös elinympäristöjen säilymistä uhkaavat ihmisen aiheuttamat laajat ja pienemmät uhat esitellään raportissa. Kuvaillut elinympäristöt edustavat sekä pehmeän että kovan pohjan vedenalaisluontoa. Kovan pohjan elinympäristöt muodostavat erillisiä vyöhykkeitä mentäessä meren pinnasta pohjaan: rihmalevävyöhyke, monivuotisten, suurien ruskolevien vyöhyke (Fucus vesiculosus, F. radicans), punalevävyöhyke ja sinisimpukkavyöhyke (Mytilus edulis/trossulus). Kuvaillut pehmeän pohjan elinympäristöt rakentuvat meriajokkaan (Zostera marina),muiden vedessä elävien putkilokasvien tai näkinpartaislevien ympärille. Suuressa osassa sekä matalista että syvistä pehmeistä pohjista ei ole ollenkaan kasvillisuutta ja silloin eliöyhteiskunnan muodostaa hienoaineksen päällä ja sisällä elävät selkärangattomat eläimet. Elinympäristöt on luokiteltu ja arvotettu kaksiportaisen mallin mukaan. Ensin elinympäristö on nimetty peittävyyden perusteella vallitsevan lajin tai lajiryhmän mukaan. Tämän jälkeen jokaisella elinympäristölle annettiin arvo sen ekologisen tärkeyden perusteella. Luontoarvot on luokiteltu asteikoilla 1-5.

NANNUT-hanke (The Nature and Nurture in the Northern Baltic Sea) on tehnyt vedenalaiskartoituksia eri puolilla Suomen rannikkoa ja saaristossa vuosina 2010 – 2011. Tavoitteena on ollut kehittää yksinkertaisia ja kustannustehokkaita menetelmiä sekä vedenalaisluonnon kartoittamiseen että sen arvottamiseen. Pääasiallinen tutkimus alue sijaitsi Raaseporin kunnan alueella Etelä-Suomessa.