Tähän Etelä-Savon vesienhoidon toimenpideohjelmaan vuosiksi 2016–2021 on koottu tiedot vesien tilasta sekä tarvittavista toimenpiteistä vesien tilan parantamiseksi ja ylläpitämiseksi Etelä-Savossa. Maakunnan luokitellusta järvipinta-alasta 76 % on erinomaisessa, 17 % hyvässä ja 7 % tyydyttävässä tai tätä heikommassa ekologisessa tilassa. Jokien kokonaispituudesta erinomaisessa ekologisessa tilassa on 21 %, hyvässä tilassa 59 % ja 20 % tyydyttävässä tilassa. Pintavesien ekologista tilaa heikentää ensisijaisesti hajakuormitus, joka on valtaosin peräisin maa- ja metsätaloudesta sekä haja-asutuksesta. Paikoitellen myös pistemäinen kuormitus heikentää vesien tilaa. Erityisesti jokien tilaa heikentävät myös rakenteelliset tekijät kuten kalojen vaellusesteet ja uomissa tehdyt muutokset. Hyvässä kemiallisessa tilassa on 66 % järvipinta-alasta ja 53 % jokipituudesta. Hyvän kemiallisen tilan saavuttamisen esteenä on pääosin elohopea, joka on laajalti peräisin ilman kautta tulevasta laskeumasta. Etelä-Savossa on yhteensä 19 pohjavesialuetta, joilla on merkittävästi pohjaveden laadulle mahdollisesti riskiä aiheuttavaa ihmistoimintaa. Huonossa kemiallisessa tilassa on seitsemän pohjavesialuetta ja yksi huonossa määrällisessä tilassa oleva pohjavesialue. Merkittävimpiä riskinaiheuttajia Etelä-Savon pohjavesialueilla ovat pilaantuneet maa-alueet, liikenne, asutus, yritystoiminta ja maa-ainesten otto. Pintavesien rehevyyteen liittyvät parantamistarpeet painottuvat maatalousvaltaisimmille alueille. Hajakuormituksen vähentämiseksi toimenpideohjelmassa on esitetty monipuolisia maa- ja metsätaloutta sekä haja- ja loma-asutusta koskevia vesiensuojelutoimia, joilla pyritään erityisesti ravinne- ja kiintoainekuormituksen vähentämiseen. Järvikunnostusten toteutusta esitetään rehevöityneisiin kohteisiin. Useissa vesistöissä on tarvetta parantaa ja elvyttää kalojen luontaista lisääntymistä luomalla vaellusyhteyksiä ja tekemällä virta-vesikunnostuksia. Pohjavesialueiden tilan säilyttäminen hyvänä ja parantaminen edellyttää useita toimenpiteitä, kuten pilaantuneen maaperän kunnostuksia, vanhoja maa-ainestenottoalueiden kunnostuksia ja tiesuolan käytön rajoituksia. Lainsäädäntöä noudattamalla voidaan parhaiten turvata pohjaveden hyvää tilaa. Esitettyjen toimenpiteiden kokonaiskustannukset ovat 63 miljoonaa euroa. Tästä 56 miljoona euroa on muun lainsäädännön perusteella toteutettavien ja 7 miljoonaa euroa vesienhoidon täydentävien toimenpiteiden osuus. Kaikissa pinta- ja pohjavesissä ei tulla toimenpiteistä huolimatta saavuttamaan hyvää ekologista tilaa vielä vuonna 2021. Vesien tila on kuitenkin kohentumassa vesienhoitotoimenpiteiden toteutuksen myötä.