Haku

Comparative functional genome analysis using associative clustering

QR-koodi

Comparative functional genome analysis using associative clustering

Vertaileva toiminnallinen genomianalyysi assosiatiivisella ryhmittelymenetelmällä

Helpommin tutkittavien malliorganismien kuten hiiren avulla tehtävä tutkimus voi auttaa ymmärtämään myös ihmisen geenien toimintaa. Lajeja vertailemalla saatava lisätieto on arvokasta, sillä geenien toiminnan selvittäminen on valtava urakka. Tämän työn tavoitteena on etsiä biologisen tutkimuksen kannalta kiinnostavia ihmisen ja hiiren vastingeenien ryhmiä.

Tutkimukseen käytettävä assosiatiivinen ryhmittely on uusi eksploratiivisen data analyysin menetelmä. Eksploratiivisten menetelmien tavoitteena on nopean yleiskuvan muodostaminen tutkimusaineistosta ilman siihen liittyvää ennakkotietoa. Eksploratiivisten menetelmien avulla voidaan tuottaa hypoteeseja myöhemmän tutkimuksen tarpeisiin. Genominlaajuisen ilmenemisdatan avulla muodostettava vastingeenien assosiatiivinen ryhmittely maksimoi ihmisen ja hiiren geeniryhmien riippuvuudet Bayesilaisen riippuvuusmitan mielessä. Tällä tavalla löydetään vastingeeni ryhmiä, joiden toiminnallinen yhteys on muuhun aineistoon verrattuna poikkeuksellinen. Työn toisena tavoitteena on uuden assosiatiivisen ryhmittely menetelmän ominaisuuksien arviointi ja vertaaminen vaihtoehtoisiin menetelmiin.

Assosiatiivinen ryhmittely osoittautui genomisten datajoukkojen vertailevassa analyysissa käyttökelpoiseksi eksploratiiviseksi menetelmäksi. Se onnistuu vaihtoehtoisia menetelmiä paremmin yhdistämään kaksi tavoitetta, riippuvuuksien mallintamisen ja helppotulkintaisuuden. Tutkimuksessa löydettiin potentiaalisesti mielenkiintoisia vastingeenien ryhmiä ja muodostettiin uusia hypoteeseja geenien yhteyksistä. Mahdollisten virhelähteideni merkitys ei ole tutkimuksen onnistumisen kannalta ratkaiseva, sillä muodostettavat hypoteesit on joka tapauksessa vahvistettava biologisissa tutkimuksissa. Tulosten biologisen merkityksen selvittäminen vaatii lisätutkimuksia.

Tallennettuna: