Sekundaariset glioblastoomat ovat aggressiivisia aivokasvaimia. Ne kehittyvät vähemmän pahanlaatuisesta esiasteesta, diffuusista glioomasta.

MikroRNAt ovat pieniä sääteleviä RNA:ita. Ne säätelevät kohdegeeniensä ilmentymistä post-transkriptionaalisesti. MikroRNAt joko hajottavat kohdegeeniensä mRNA:ita tai vähentävät niiden translaatiota. Jos mikroRNA:n sekvenssi tiedetään, voidaan sen kohdegeenit ennustaa mikroRNA:n ja kohdegeenin välisen sekvenssihomologian perusteella.

MikroRNA:iden ilmentymistasoissa on havaittu eroja glioomien ja sekundaaristen glioblastoomien välillä. Nämä erot toimivat markkereina kasvaimen ennusteelle ja hoitotuloksille. MikroRNA-tasojen muutosten voidaan myös olettaa aiheuttavan muutoksia niiden kohdegeenien ilmentymistasoissa näiden kahden kasvaintyypin välillä. Kohdegeenien ilmentymismuutokset saattavat puolestaan auttaa ymmärtämään niitä biologisia taustamekanismeja jotka liittyvät sekundaarisen glioblastooman kehittymiseen diffuusista glioomasta.

Tämän projektin tavoitteena oli tunnistaa eroja mikroRNA:iden ilmentymistasoissa gliooma-sekundaarinen glioblastooma näyteparien välillä sRNA-seq datasta. Niille mikroRNA:ille jotka ilmentyivät eri tasoilla glioomissa verrattuna glioblastoomiin ennustettin kohdegeenit. Näistä samoista kasvaimista saatua RNA-seq dataa hyödynnettiin mikroRNA-mRNA vuorovaikutusten mallinnuksessa, sekä tunnistamaan oleellisimpiin kohdegeeneihin liittyviä biologisia teemoja.