Syöpä on geneettinen sairaus, minkä vuoksi syöpäkasvaimen geneettisten muutosten tunteminen auttaa kohdennettujen täsmälääkkeiden valinnassa ja hoitovasteen arvioinnissa. Tämän työn tarkoituksena oli kehittää PIK3CA-geenin mutaatioanalyysi syöpädiagnostiikkaan soveltuvaksi. PIK3CA on PI3K/Akt/mTOR-reaktiotiellä keskeisenä tekijänä olevan PI3K-proteiinin katalyyttinen osa. PIK3CA-geenin mutaatiot moninkertaistavat PI3K:n aktiivisuuden, jolloin reitin signalointi ei ole enää riippuvainen reseptoriin sitoutuvasta kasvutekijästä. Reitti säätelee keskeisiä solun toimintoja, kuten jakautumista ja erilaistumista, ja on yksi useimmin mutatoituneista reaktioreiteistä syövässä.

Kehitettävänä olleessa menetelmässä näytteenä on potilaan parafiiniin valetusta kudosnäytteestä eristetty DNA. DNA:sta monistetaan PCR:llä yleisimmin mutaatioita sisältä-vät kohdat. PIK3CA-geenin somaattisista pistemutaatioista yli 80% sijaitsee eksonin 9 kodoneissa 542 ja 545 ja eksonin 20 kodonissa 1047. Jaksojen monistamisen jälkeen PCR-tuote sekvensoidaan pyrosekvensointimenetelmällä.

Menetelmän suurimpina haasteina olivat pseudogeenin monistuminen ja kontaminaatioherkkyys. Näihin haasteisiin pyrittiin vastaamaan PCR-alukkeita, olosuhteita ja työtapoja muokkaamalla. Työssä löydettiin PCR-alukkeet, joilla PCR-olosuhteita tiukentamalla päästiin eroon pseudogeenin monistumisesta. Kontaminaatio-ongelmasta PCR:ssä ei päästy kokonaan eroon, mutta huolellisilla työtavoilla kontaminaatio pysyi vähäisenä eikä häirinnyt varsinaisten näytteiden tulosten tulkintaa. Menetelmän herkkyys ja toistettavuus määritettiin mutaatioita sisältävistä standardi-DNA-näytteistä tehdyillä laimen-nossarjoilla. Menetelmä osoittautui hyvin herkäksi ja toistettavuus oli hyvä. Menetelmä löysi luotettavasti myös tiedossa olleet mutaatiot tutkituista rintasyöpänäytteistä.

Menetelmästä tuli tämän opinnäytetyön myötä käyttökelpoinen ja sitä voidaan jatkossa käyttää Keski-Suomen keskussairaalan patologian osastolla tutkimusnäytteiden analy-sointiin.