The trans-ancestral genomic architecture of glycemic traits
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The trans-ancestral genomic architecture of glycemic traits
Teksti
Chen, J. (Ji) ; Spracklen, C. N. (Cassandra N.) ; Marenne, G. (Gaelle) ; Varshney, A. (Arushi) ; Corbin, L. J. (Laura J.) ; Luan, J. (Jian'an) ; Willems, S. M. (Sara M.) ; Wu, Y. (Ying) ; Zhang, X. (Xiaoshuai) ; Horikoshi, M. (Momoko) ; Boutin, T. S. (Thibaud S.) ; Magi, R. (Reedik) ; Waage, J. (Johannes) ; Li-Gao, R. (Ruifang) ; Chan, K. H. (Kei Hang Katie) ; Yao, J. (Jie) ; Anasanti, M. D. (Mila D.) ; Chu, A. Y. (Audrey Y.) ; Claringbould, A. (Annique) ; Heikkinen, J. (Jani) ; Hong, J. (Jaeyoung) ; Hottenga, J.-J. (Jouke-Jan) ; Huo, S. (Shaofeng) ; Kaakinen, M. A. (Marika A.) ; Louie, T. (Tin) ; Maerz, W. (Winfried) ; Moreno-Macias, H. (Hortensia) ; Ndungu, A. (Anne) ; Nelson, S. C. (Sarah C.) ; Nolte, I. M. (Ilja M.) ; North, K. E. (Kari E.) ; Raulerson, C. K. (Chelsea K.) ; Ray, D. (Debashree) ; Rohde, R. (Rebecca) ; Rybin, D. (Denis) ; Schurmann, C. (Claudia) ; Sim, X. (Xueling) ; Southam, L. (Lorraine) ; Stewart, I. D. (Isobel D.) ; Wang, C. A. (Carol A.) ; Wang, Y. (Yujie) ; Wu, P. (Peitao) ; Zhang, W. (Weihua) ; Ahluwalia, T. S. (Tarunveer S.) ; Appel, E. V. (Emil V. R.) ; Bielak, L. F. (Lawrence F.) ; Brody, J. A. (Jennifer A.) ; Burtt, N. P. (Noel P.) ; Cabrera, C. P. (Claudia P.) ; Cade, B. E. (Brian E.) ; Chai, J. F. (Jin Fang) ; Chai, X. (Xiaoran) ; Chang, L.-C. (Li-Ching) ; Chen, C.-H. (Chien-Hsiun) ; Chen, B. H. (Brian H.) ; Chitrala, K. N. (Kumaraswamy Naidu) ; Chiu, Y.-F. (Yen-Feng) ; de Haan, H. G. (Hugoline G.) ; Delgado, G. E. (Graciela E.) ; Demirkan, A. (Ayse) ; Duan, Q. (Qing) ; Engmann, J. (Jorgen) ; Fatumo, S. A. (Segun A.) ; Gayan, J. (Javier) ; Giulianini, F. (Franco) ; Gong, J. H. (Jung Ho) ; Gustafsson, S. (Stefan) ; Hai, Y. (Yang) ; Hartwig, F. P. (Fernando P.) ; He, J. (Jing) ; Heianza, Y. (Yoriko) ; Huang, T. (Tao) ; Huerta-Chagoya, A. (Alicia) ; Hwang, M. Y. (Mi Yeong) ; Jensen, R. A. (Richard A.) ; Kawaguchi, T. (Takahisa) ; Kentistou, K. A. (Katherine A.) ; Kim, Y. J. (Young Jin) ; Kleber, M. E. (Marcus E.) ; Kooner, I. K. (Ishminder K.) ; Lai, S. (Shuiqing) ; Lange, L. A. (Leslie A.) ; Langefeld, C. D. (Carl D.) ; Lauzon, M. (Marie) ; Li, M. (Man) ; Ligthart, S. (Symen) ; Liu, J. (Jun) ; Loh, M. (Marie) ; Long, J. (Jirong) ; Lyssenko, V. (Valeriya) ; Mangino, M. (Massimo) ; Marzi, C. (Carola) ; Montasser, M. E. (May E.) ; Nag, A. (Abhishek) ; Nakatochi, M. (Masahiro) ; Noce, D. (Damia) ; Noordam, R. (Raymond) ; Pistis, G. (Giorgio) ; Preuss, M. (Michael) ; Raffield, L. (Laura) ; Rasmussen-Torvik, L. J. (Laura J.) ; Rich, S. S. (Stephen S.) ; Robertson, N. R. (Neil R.) ; Rueedi, R. (Rico) ; Ryan, K. (Kathleen) ; Sanna, S. (Serena) ; Saxena, R. (Richa) ; Schraut, K. E. (Katharina E.) ; Sennblad, B. (Bengt) ; Setoh, K. (Kazuya) ; Smith, A. V. (Albert V.) ; Sparso, T. (Thomas) ; Strawbridge, R. J. (Rona J.) ; Takeuchi, F. (Fumihiko) ; Tan, J. (Jingyi) ; Trompet, S. (Stella) ; van den Akker, E. (Erik) ; van der Most, P. J. (Peter J.) ; Verweij, N. (Niek) ; Vogel, M. (Mandy) ; Wang, H. (Heming) ; Wang, C. (Chaolong) ; Wang, N. (Nan) ; Warren, H. R. (Helen R.) ; Wen, W. (Wanqing) ; Wilsgaard, T. (Tom) ; Wong, A. (Andrew) ; Wood, A. R. (Andrew R.) ; Xie, T. (Tian) ; Zafarmand, M. H. (Mohammad Hadi) ; Zhao, J.-H. (Jing-Hua) ; Zhao, W. (Wei) ; Amin, N. (Najaf) ; Arzumanyan, Z. (Zorayr) ; Astrup, A. (Arne) ; Bakker, S. J. (Stephan J. L.) ; Baldassarre, D. (Damiano) ; Beekman, M. (Marian) ; Bergman, R. N. (Richard N.) ; Bertoni, A. (Alain) ; Blueher, M. (Matthias) ; Bonnycastle, L. L. (Lori L.) ; Bornstein, S. R. (Stefan R.) ; Bowden, D. W. (Donald W.) ; Cai, Q. (Qiuyin) ; Campbell, A. (Archie) ; Campbell, H. (Harry) ; Chang, Y. C. (Yi Cheng) ; de Geus, E. J. (Eco J. C.) ; Dehghan, A. (Abbas) ; Du, S. (Shufa) ; Eiriksdottir, G. (Gudny) ; Farmaki, A. E. (Aliki Eleni) ; Franberg, M. (Mattias) ; Fuchsberger, C. (Christian) ; Gao, Y. (Yutang) ; Gjesing, A. P. (Anette P.) ; Goel, A. (Anuj) ; Han, S. (Sohee) ; Hartman, C. A. (Catharina A.) ; Herder, C. (Christian) ; Hicks, A. A. (Andrew A.) ; Hsieh, C.-H. (Chang-Hsun) ; Hsueh, W. A. (Willa A.) ; Ichihara, S. (Sahoko) ; Igase, M. (Michiya) ; Ikram, M. A. (M. Arfan) ; Johnson, W. C. (W. Craig) ; Jorgensen, M. E. (Marit E.) ; Joshi, P. K. (Peter K.) ; Kalyani, R. R. (Rita R.) ; Kandeel, F. R. (Fouad R.) ; Katsuya, T. (Tomohiro) ; Khor, C. C. (Chiea Chuen) ; Kiess, W. (Wieland) ; Kolcic, I. (Ivana) ; Kuulasmaa, T. (Teemu) ; Kuusisto, J. (Johanna) ; Lall, K. (Kristi) ; Lam, K. (Kelvin) ; Lawlor, D. A. (Deborah A.) ; Lee, N. R. (Nanette R.) ; Lemaitre, R. N. (Rozenn N.) ; Li, H. (Honglan) ; Lin, S.-Y. (Shih-Yi) ; Lindstrom, J. (Jaana) ; Linneberg, A. (Allan) ; Liu, J. (Jianjun) ; Lorenzo, C. (Carlos) ; Matsubara, T. (Tatsuaki) ; Matsuda, F. (Fumihiko) ; Mingrone, G. (Geltrude) ; Mooijaart, S. (Simon) ; Moon, S. (Sanghoon) ; Nabika, T. (Toru) ; Nadkarni, G. N. (Girish N.) ; Nadler, J. L. (Jerry L.) ; Nelis, M. (Mari) ; Neville, M. J. (Matt J.) ; Norris, J. M. (Jill M.) ; Ohyagi, Y. (Yasumasa) ; Peters, A. (Annette) ; Peyser, P. A. (Patricia A.) ; Polasek, O. (Ozren) ; Qi, Q. (Qibin) ; Raven, D. (Dennis) ; Reilly, D. F. (Dermot F.) ; Reiner, A. (Alex) ; Rivideneira, F. (Fernando) ; Roll, K. (Kathryn) ; Rudan, I. (Igor) ; Sabanayagam, C. (Charumathi) ; Sandow, K. (Kevin) ; Sattar, N. (Naveed) ; Schuermann, A. (Annette) ; Shi, J. (Jinxiu) ; Stringham, H. M. (Heather M.) ; Taylor, K. D. (Kent D.) ; Teslovich, T. M. (Tanya M.) ; Thuesen, B. (Betina) ; Timmers, P. R. (Paul R. H. J.) ; Tremoli, E. (Elena) ; Tsai, M. Y. (Michael Y.) ; Uitterlinden, A. (Andre) ; van Dam, R. M. (Rob M.) ; van Heemst, D. (Diana) ; van Hylckama Vlieg, A. (Astrid) ; van Vliet-Ostaptchouk, J. V. (Jana V.) ; Vangipurapu, J. (Jagadish) ; Vestergaard, H. (Henrik) ; Wang, T. (Tao) ; Willems van Dijk, K. (Ko) ; Zemunik, T. (Tatijana) ; Abecasis, G. R. (Goncalo R.) ; Adair, L. S. (Linda S.) ; Aguilar-Salinas, C. A. (Carlos Alberto) ; Alarcon-Riquelme, M. E. (Marta E.) ; An, P. (Ping) ; Aviles-Santa, L. (Larissa) ; Becker, D. M. (Diane M.) ; Beilin, L. J. (Lawrence J.) ; Bergmann, S. (Sven) ; Bisgaard, H. (Hans) ; Black, C. (Corri) ; Boehnke, M. (Michael) ; Boerwinkle, E. (Eric) ; Boehm, B. O. (Bernhard O.) ; Bonnelykke, K. (Klaus) ; Boomsma, D. I. (D. I.) ; Bottinger, E. P. (Erwin P.) ; Buchanan, T. A. (Thomas A.) ; Canouil, M. (Mickael) ; Caulfield, M. J. (Mark J.) ; Chambers, J. C. (John C.) ; Chasman, D. I. (Daniel I.) ; Chen, Y. I. (Yii-Der Ida) ; Cheng, C.-Y. (Ching-Yu) ; Collins, F. S. (Francis S.) ; Correa, A. (Adolfo) ; Cucca, F. (Francesco) ; de Silva, H. J. (H. Janaka) ; Dedoussis, G. (George) ; Elmstahl, S. (Solve) ; Evans, M. K. (Michele K.) ; Ferrannini, E. (Ele) ; Ferrucci, L. (Luigi) ; Florez, J. C. (Jose C.) ; Franks, P. W. (Paul W.) ; Frayling, T. M. (Timothy M.) ; Froguel, P. (Philippe) ; Gigante, B. (Bruna) ; Goodarzi, M. O. (Mark O.) ; Gordon-Larsen, P. (Penny) ; Grallert, H. (Harald) ; Grarup, N. (Niels) ; Grimsgaard, S. (Sameline) ; Groop, L. (Leif) ; Gudnason, V. (Vilmundur) ; Guo, X. (Xiuqing) ; Hamsten, A. (Anders) ; Hansen, T. (Torben) ; Hayward, C. (Caroline) ; Heckbert, S. R. (Susan R.) ; Horta, B. L. (Bernardo L.) ; Huang, W. (Wei) ; Ingelsson, E. (Erik) ; James, P. S. (Pankow S.) ; Järvelin, M.-R. (Marjo-Ritta) ; Jonas, J. B. (Jost B.) ; Jukema, J. W. (J. Wouter) ; Kaleebu, P. (Pontiano) ; Kaplan, R. (Robert) ; Kardia, S. L. (Sharon L. R.) ; Kato, N. (Norihiro) ; Keinanen-Kiukaanniemi, S. M. (Sirkka M.) ; Kim, B.-J. (Bong-Jo) ; Kivimaki, M. (Mika) ; Koistinen, H. A. (Heikki A.) ; Kooner, J. S. (Jaspal S.) ; Koerner, A. (Antje) ; Kovacs, P. (Peter) ; Kuh, D. (Diana) ; Kumari, M. (Meena) ; Kutalik, Z. (Zoltan) ; Laakso, M. (Markku) ; Lakka, T. A. (Timo A.) ; Launer, L. J. (Lenore J.) ; Leander, K. (Karin) ; Li, H. (Huaixing) ; Lin, X. (Xu) ; Lind, L. (Lars) ; Lindgren, C. (Cecilia) ; Liu, S. (Simin) ; Loos, R. J. (Ruth J. F.) ; Magnusson, P. K. (Patrik K. E.) ; Mahajan, A. (Anubha) ; Metspalu, A. (Andres) ; Mook-Kanamori, D. O. (Dennis O.) ; Mori, T. A. (Trevor A.) ; Munroe, P. B. (Patricia B.) ; Njolstad, I. (Inger) ; O'Connell, J. R. (Jeffrey R.) ; Oldehinkel, A. J. (Albertine J.) ; Ong, K. K. (Ken K.) ; Padmanabhan, S. (Sandosh) ; Palmer, C. N. (Colin N. A.) ; Palmer, N. D. (Nicholette D.) ; Pedersen, O. (Oluf) ; Pennell, C. E. (Craig E.) ; Porteous, D. J. (David J.) ; Pramstaller, P. P. (Peter P.) ; Province, M. A. (Michael A.) ; Psaty, B. M. (Bruce M.) ; Qi, L. (Lu) ; Raffel, L. J. (Leslie J.) ; Rauramaa, R. (Rainer) ; Redline, S. (Susan) ; Ridker, P. M. (Paul M.) ; Rosendaal, F. R. (Frits R.) ; Saaristo, T. E. (Timo E.) ; Sandhu, M. (Manjinder) ; Saramies, J. (Jouko) ; Schneiderman, N. (Neil) ; Schwarz, P. (Peter) ; Scott, L. J. (Laura J.) ; Selvin, E. (Elizabeth) ; Sever, P. (Peter) ; Shu, X.-o. (Xiao-ou) ; Slagboom, P. E. (P. Eline) ; Small, K. S. (Kerrin S.) ; Smith, B. H. (Blair H.) ; Snieder, H. (Harold) ; Sofer, T. (Tamar) ; Sorensen, T. I. (Thorkild I. A.) ; Spector, T. D. (Tim D.) ; Stanton, A. (Alice) ; Steves, C. J. (Claire J.) ; Stumvoll, M. (Michael) ; Sun, L. (Liang) ; Tabara, Y. (Yasuharu) ; Tai, E. S. (E. Shyong) ; Timpson, N. J. (Nicholas J.) ; Tonjes, A. (Anke) ; Tuomilehto, J. (Jaakko) ; Tusie, T. (Teresa) ; Uusitupa, M. (Matti) ; van der Harst, P. (Pim) ; van Duijn, C. (Cornelia) ; Vitart, V. (Veronique) ; Vollenweider, P. (Peter) ; Vrijkotte, T. G. (Tanja G. M.) ; Wagenknecht, L. E. (Lynne E.) ; Walker, M. (Mark) ; Wang, Y. X. (Ya X.) ; Wareham, N. J. (Nick J.) ; Watanabe, R. M. (Richard M.) ; Watkins, H. (Hugh) ; Wei, W. B. (Wen B.) ; Wickremasinghe, A. R. (Ananda R.) ; Willemsen, G. (Gonneke) ; Wilson, J. F. (James F.) ; Wong, T.-Y. (Tien-Yin) ; Wu, J.-Y. (Jer-Yuarn) ; Xiang, A. H. (Anny H.) ; Yanek, L. R. (Lisa R.) ; Yengo, L. (Loic) ; Yokota, M. (Mitsuhiro) ; Zeggini, E. (Eleftheria) ; Zheng, W. (Wei) ; Zonderman, A. B. (Alan B.) ; Rotter, J. I. (Jerome I.) ; Gloyn, A. L. (Anna L.) ; McCarthy, M. I. (Mark I.) ; Dupuis, J. (Josee) ; Meigs, J. B. (James B.) ; Scott, R. A. (Robert A.) ; Prokopenko, I. (Inga) ; Leong, A. (Aaron) ; Liu, C.-T. (Ching-Ti) ; Parker, S. C. (Stephen C. J.) ; Mohlke, K. L. (Karen L.) ; Langenberg, C. (Claudia) ; Wheeler, E. (Eleanor) ; Morris, A. P. (Andrew P.) ; Barroso, I. (Ines)
Springer Nature
Abstract
Glycemic traits are used to diagnose and monitor type 2 diabetes and cardiometabolic health. To date, most genetic studies of glycemic traits have focused on individuals of European ancestry. Here we aggregated genome-wide association studies comprising up to 281,416 individuals without diabetes (30% non-European ancestry) for whom fasting glucose, 2-h glucose after an oral glucose challenge, glycated hemoglobin and fasting insulin data were available. Trans-ancestry and single-ancestry meta-analyses identified 242 loci (99 novel; P < 5 x 10-8), 80% of which had no significant evidence of between-ancestry heterogeneity. Analyses restricted to individuals of European ancestry with equivalent sample size would have led to 24 fewer new loci. Compared with single-ancestry analyses, equivalent-sized trans-ancestry fine-mapping reduced the number of estimated variants in 99% credible sets by a median of 37.5%. Genomic-feature, gene-expression and gene-set analyses revealed distinct biological signatures for each trait, highlighting different underlying biological pathways. Our results increase our understanding of diabetes pathophysiology by using trans-ancestry studies for improved power and resolution.
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