Ei-pienisoluisen keuhkosyövän kopiomäärämuutosten osoittaminen molekyylikaryotyypityksellä - Aalto-Setälä, Alana; Savaloja, Reetta (Metropolia ammattikorkeakoulu, 2013)
Tiivistelmä: Ei-pienisoluisen keuhkosyövän kopiomäärämuutosten osoittaminen molekyylikaryotyypityksellä. Keuhkosyöpä on maailmanlaajuisesti merkittävä syöpätauti, joka oli vuonna 2010 Suomessa miesten yleisin ja naisten toiseksi yleisin syöpäkuolinsyy. Keuhkosyöpä voidaan jakaa histologisesti kahteen luokkaan. Ei-pienisoluinen syöpämuoto kattaa noin 75 % kaikista keuhkosyöpätapauksista. Tällä hetkellä niin sanottu 'personalised medicine' on terveydenhuollossa erityisen mielenkiinnon kohteena ja joitakin onkogeenien signaalivälitykseen vaikuttavia täsmälääkkeitä on jo markkinoilla. Täsmälääkkeet eivät aina tehoa, joten karsinogeneesiin johtavien kohdegeenien tarkempi tutkiminen edistää merkittävästi syövän tutkimusta ja hoitoa. Opinnäytetyö tehtiin Helsingin yliopiston Haartman-Instituutin sytomolekyyligenetiikan laboratoriossa Sakari Knuutilan tutkimusryhmässä keväällä 2013. Tavoitteena oli osoittaa tutkimukseen valituista keuhkosyöpänäytteistä kopiomäärämuutoksia molekyylikaryotyypityksellä. Tarkoituksena oli määrittää array-CGH -menetelmällä yleisimmin toistuvat sekä pienimmät yhteiset kopiomäärämuutosalueet. Lisäksi tutkimukseen valittiin neljä tunnetua keuhkosyöpään liittyvää geeniä (ALK, BRAF, EGFR ja KRAS), joiden mutaatiostatuksia oli tarkoitus vertailla kopiomäärämuutosalueisiin. Kopiomäärämuutoksia tutkittiin yhteensä 28:sta näytteestä. Niitä löytyi 20 näytteestä yhteensä 166:lta erilliseltä alueelta, joista noin 72 % oli amplifikaatioita. Amplikoneja osoitettiin yksi komosomissa 17q12. Yleisimmät yhteiset amplifikaatioalueet olivat kro-mosomeissa 1q, 5p, 8q ja 14q ja deleetioalueet kromosomeissa 6q ja 19p. Otoksen vaihtelevuuden vuoksi geenimutaation ja kopiomäärämuutoksen välillä ei voitu osoittaa olevan yhteyttä. Näytteiden esitietojen vaihtelevuuden ja pienen otoskoon vuoksi riippu-vuussuhteita tupakan käytön, geenimutaatioiden ja kopiomäärämuutosten välillä ei voitu luotettavasti osoittaa. Näytteistä voitiin osoittaa yhteisiä, toistuvia kopiomäärämuutosalueita. Jatkotutkimuksia kuitenkin tarvitaan mahdollisten drivergeenien ja kohdegeenien tunnistamiseksi. Tutkimuksen tarkoituksena oli tunnistaa nämä alueet ja tämä onnistui odotetulla tarkkuudella. Tutkimuksessa käsiteltiin vain neljää keuhkosyöpään liittyvää geeniä, mutta sekvensoinnilla löydettyjä geenimutaatioita oli yhteensä 40, joita tulisi myös verrata osoitettuihin kopiomäärämuutoksiin.
Keywords: keuhkosyöpä; bioanalytiikka; mikrobiologia; syöpätaudit; täsmälääkkeet; syöpägeenit; solut; geenitekniikka; laboratoriotyöt; opinnäytteet